国立水俣病研究センターは、水俣病が我が国の公害の原点であること、およびその複雑な歴史的背景と社会的重要性を考えあわせ、水俣病に関する研究の推進に役立つように、総合的医学研究を実施し、水俣病患者の医療の向上を図ることを目的として、昭和53（1978）年10月に熊本県水俣市に設置されました。

平成8（1996）年7月には水俣病発生地域としての特性を活かした研究機能の充実を図るために、「国立水俣病総合研究センター」に改組し、新たに国際・総合研究部を設置し、水俣病に関する国際的な調査・研究、社会科学的、自然科学的な調査・研究および水俣病に関する国内外の情報の収集・整理・提供を行う事になりました。

また、平成13（2001）年6月には、水俣病に関する情報発信の拠点となる「水俣病情報センター」を開館しました。

さらに、平成15（2003）年9月には「環境調査研修所」に組織統合され、これまで以上に研究センターの機能を高めつつ、国際環境協力、研修等においてより効果的にその能力を活用する事が可能になりました。